O curso de Engenharia Mecatrônica é o primeiro desta modalidade a ser oferecido por uma Instituição Pública Federal de Ensino Superior no Paraná. Foi estruturado para que os futuros engenheiros atuem nos setores da indústria de processo e de manufatura, no desenvolvimento tecnológico de produtos e nos processos de produção, integrando as tecnologias das áreas mecânica, eletrônica e de computação.

A estrutura curricular compreende disciplinas que garantem sólida formação básica e a construção de conhecimentos teóricos e práticos. A visão integrada entre as diversas áreas do curso é obtida através dos conteúdos e da realização de projetos integradores interdisciplinares. Um diferencial da Engenharia Mecatrônica está na inserção de disciplinas eletivas que o estudante pode realizar em outros cursos da UTFPR ou em instituições com as quais existem acordos de mobilidade acadêmica. As disciplinas eletivas possibilitam que a aquisição de novas habilidades e competências em áreas afins de seu curso, bem como em áreas que atendam aos seus interesses pessoais.